Ученые показали, что с помощью глубокого секвенирования можно обнаруживать редкие мутации. На практике это помогло улучшить диагностику сосудистых аномалий, благодаря чему пациентам уже удалось подобрать персонализированную терапию. Исследование опубликовано в журнале Nature Medicine.
Сосудистые аномалии — это ряд болезней, при которых нарушается структура и функции вен, артерий и лимфатической системы. К сосудистым аномалиям относятся злокачественные и доброкачественные опухоли, а также другие патологии. Некоторые сосудистые аномалии проходят сами со временем, но другие могут иметь ощутимые последствия, влиять на жизненно важные органы и процессы (например, мешать глотанию, дыханию).
В 2019 году группа ученых впервые обнаружила аллель гена, ответственную за аномалию лимфатической системы. На основе этого врачи смогли предложить пациенту с этой патологией уже существующее лекарство, что помогло избавить его от побочных эффектов болезни — облегчило дыхание и снизило отек в ногах. После этого ученые посчитали, что и у других пациентов с сосудистыми аномалиями наверняка есть мутации, на основе которых можно подобрать персонализированную терапию. Проблема состоит в том, что около 90% мутаций, которые встречаются у пациентов с сосудистыми аномалиями, являются соматическими, то есть они не наследуются. Следовательно, такие мутации редко встречаются и могут быть только в отдельных клетках и тканях. Во многих случаях частота встречаемости опасной мутации может составлять меньше 1%. Из-за этого их тяжело зафиксировать с помощью традиционных методов секвенирования. Поэтому ученые обратились к так называемому глубокому секвенированию. При этом методе нужный участок ДНК «прочитывают» несколько раз.
В работе ученые проанализировали образцы ДНК из CD31-положительных клеток (клетки эпителия и крови), а также образцы ДНК из лимфы и плазмы крови. В исследовании участвовало 356 пациентов, из них 104 имели сложные сосудистые аномалии. После глубокого секвенирования ученые действительно выявили ряд соматических мутаций. Метод оказался настолько чувствительным, что позволял зафиксировать даже мутации, которые встречались с частотой ниже 0,15%. Благодаря нахождению этих мутаций ученые смогли поставить диагноз 41% пациентов с первичными комплексными сосудистыми аномалиями и 72% пациентов с сосудистыми патологиями. В результате этого 69 пациентов получило или будет получать персонализированную терапию. 63% из этих пациентов почувствовали, что их состояние улучшилось после перехода на новый подход к терапии.
Ученые отметили, что представленный ими метод может значительно улучшить диагностику болезней в будущем. Они доказали, что можно ставить диагноз по циркулирующей вне клеток, в лимфе и плазме, ДНК, что делает метод неинвазивным. Подобная диагностика в будущем позволит подбирать для каждого пациента свою терапию.
Подписывайтесь на InScience.News в социальных сетях: ВКонтакте, Telegram, Одноклассники.
