Международная группа ученых разработала метод определения активности клеток органа или опухоли. Он позволяет представлять данные в высоком разрешении. С помощью этого метода можно создавать «клеточные карты», которые будут применяться в фундаментальных и клинических анализах раковых опухолей. Исследование опубликовано в журнале Nature Biotechnology.
За последние годы ученые достигли больших успехов в области профилирования активности генов и получения другой информации в отдельных клетках и в небольших группах. Однако эти методы обычно требуют растворения тканей и дифференциации каждой клетки, так что информация о том, откуда они взяты, теряется.
Ученые из США и Швеции разработали метод SPOTS, который позволяет отслеживать исходное положение клетки, причем в высоком разрешении. Для этого они использовали предметные стекла, которые подходят для визуализации образцов тканей с помощью микроскопа. Специалисты покрыли их тысячами специальных молекул-зондов, каждая из которых содержит молекулярный «штрих-код». Он обозначает ее положение на предметном стекле. Когда тонко нарезанный образец ткани помещается на такое стекло и его клетки становятся проницаемыми, молекулы-зонды захватывают РНК-мессенджеры соседних клеток (мРНК), которые содержат данные об активных генах. С помощью автоматизированных методов исследователи идентифицируют захваченные мРНК белки и могут определить их исходное положение в образце ткани. Полученные карты можно рассматривать отдельно или сравнивать со стандартной патологической визуализацией образца.
Команда продемонстрировала метод на ткани из селезенки мыши. Ученые обозначили сложную архитектуру этого органа и зафиксировали скопления различных типов клеток, их функциональные состояния и то, как эти состояния отличаются в зависимости от расположения клеток. Исследователи также использовали SPOTS для составления карты клеточной организации опухоли молочной железы мыши. Полученные данные отражали иммунные клетки в двух различных состояниях: одно — активное и борющееся с опухолью, другое — образующее барьер для защиты опухоли.
«Такие детали могут помочь объяснить, почему некоторые пациенты реагируют на иммуностимулирующую терапию, а некоторые нет, и в итоге повлиять на разработку будущих методов иммунотерапии», — считает один из авторов исследования Дэн Ландау из Нью-Йоркского центра генома (США). В планах команды — добавить сбор дополнительной информации, чтобы сузить разрешение метода для отдельных клеток.
Подписывайтесь на InScience.News в социальных сетях: ВКонтакте, Telegram, Одноклассники.
