В рамках проекта Genome 10K международная команда ученых объединила несколько технологий секвенирования и сборки геномов, чтобы получить 16 высокоточных эталонных геномов разных животных, в том числе исчезающих видов. В планах проекта — расшифровать геномы всех существующих позвоночных. Статья опубликована в журнале Nature.
В рамках проекта Genome 10K, направленного на создание эталонных геномов всех существующих видов животных, международная команда ученых предоставила новые методы для сборки геномов. Ученые создали 16 высококачественных эталонных геномов позвоночных, среди которых виды, находящиеся под угрозой исчезновения: попугай какапо и дельфин калифорнийская морская свинья.
Как правило, в небольших популяциях имеет место близкородственное скрещивание, что ведет к обеднению генофонда и появлению опасных мутаций. Секвенирование геномов редких животных помогает понять, достаточно ли сохранившегося генетического разнообразия для восстановления численности вида. В ходе исследований ученые обнаружили, что малые популяции какапо и калифорнийской морской свиньи уже смогли пережить резкое сокращение численности, произошедшее около 10 тыс. лет назад, и вероятно, имеют шанс выжить в будущем.
Качественные эталонные геномы, объединяющие все гены организма, сейчас собраны практически только для модельных биологических объектов, таких как мыши, дрозофилы, рыбки данио и человек. Для менее популярных видов эталонные геномы собираются дешевыми и менее точными методами, в них часто отсутствуют последовательности нуклеотидов или они неправильно собраны. Ученые уже обнаружили множество ошибок в существовавших геномах, например очень часто из-за неправильного разделения материнских и отцовских хромосомных последовательностей их интерпретируют как два отдельных гена.
В целях проекта Genome 10K — создать библиотеку безошибочных эталонных геномов для всех видов позвоночных, которую исследователи и защитники природы смогут легко использовать. Многие компании предлагали проекту свои технологии секвенирования. Каждый метод ученые проверили на небольшом геноме колибри и объединили несколько технологий в одну. Теперь собрать высокоточный эталонный геном можно за недели и месяцы, тогда как раньше на это уходили годы. Ученые уже использовали новые данные для изучения генов, которые делают летучих мышей невосприимчивыми к COVID-19, и поиска различий между гормоном окситоцином и его рецепторами среди классов позвоночных.
Подписывайтесь на InScience.News в социальных сетях: ВКонтакте, Telegram, Одноклассники.
