Группа исследователей из России и США представила новые данные для изучения поведения и физиологии двух видов малярийных комаров. Результаты работы помогут ускорить поиск участков генома, отвечающих за связь с возбудителем малярии, а также участков, связанных с привычкой кусать человека. Статья опубликована в журнале GigaScience.
Ученые из Политехнического института Вирджинии, Университета Джорджа Вашингтона и Университета ИТМО создали референсные геномы двух африканских малярийных комаров Anopheles coluzzii и Anopheles arabiensis. Процесс сборки генома заключается в сложении множества коротких участков ДНК в несколько длинных последовательностей. Это «усредненные» геномы организма, с помощью которых находят отличия одних особей или популяций от других.
К малярийным комарам относят 400 видов насекомых, а основными переносчиками считаются 30 из них. Малярию вызывает паразит Plasmodium, которого комары передают человеку при укусе. Для борьбы с заболеванием важно понять, как на генетическом уровне сформированы различия в пищевом поведении комаров-носителей и их более безопасных «родственников». Полученные знания могут помочь найти способ повлиять на «диету» конкретных видов, чтобы малярийные комары либо перестали питаться кровью человека, либо больше не переносили паразитов.
«Сборка генома комара — это задача среднего уровня сложности. С одной стороны, у него достаточно большой геном: примерно 300 миллионов символов, всего в десять раз меньше, чем у человека. С другой стороны, у комаров всего три пары хромосом, а не 23, как у человека. Так как из одного комара получается мало генетического материала, мы использовали материал со всей колонии, то есть в секвенатор попадает ДНК сразу множества особей. В итоге мы видим все индивидуальные различия отдельных комаров, которые необходимо нивелировать, чтобы собрать референсный геном», — поясняет соавтор исследования, сотрудник научно-образовательного центра геномного разнообразия Университета ИТМО Антон Замятин.
Исследования начались в 2018 году. Выделение генома и его секвенирование проводили в Политехническом университете Вирджинии, где содержатся колонии насекомых, разделенных по видам. После этого специалисты Университета ИТМО приступили к сборке генома. Теперь ученые планируют новые проекты, связанные со сборками референсных геномов других видов малярийных комаров.
Подписывайтесь на InScience.News в социальных сетях: ВКонтакте, Telegram, Одноклассники.
