Лейденский рейтинг издается с 2007 года, и российские вузы появляются в нем не в первый раз. Так, в 2012 году МГУ и СПбГУ заняли буквально последние два места среди 500 лучших вузов; в 2013 году МГУ поднялся до 468-го места, а СПбГУ — до 491-го. В следующие два года российские вузы не попадали в число 500 лидеров, зато в 2016 году МГУ поднялся в три раза по сравнению с предыдущим годом и занял 296 место, а СПбГУ остался на старых позициях. В обновленном рейтинге МГУ занимает 299 место, а СПбГУ — 624 (поднялся с 682 места).

Вузы ранжируют согласно анализу числа публикаций в базе данных Web of Science и их цитирования. Учитываются не все журналы, входящие в список WoS, а только из списка проверенных международных изданий, опубликованных на сайте. Отдельно создатели рейтинга отмечают, что анонимные публикации не учитываются при подсчете. Закономерным является тот факт, что в WoS индексируются англоязычные статьи, и, как следствие, вузы, где доля таких публикаций недостаточно высокая, не занимают высокие позиции в рейтинге. В этом году лидерами стали следующие вузы:

Для сравнения, у СПбГУ всего 1682 публикации в базе WoS, а у МГУ — 3611 публикаций.

В рейтинге рассматриваются следующие индексы: РР (топ-1), обозначающий долю публикаций в университете за один год в одной научной области среди 1% наиболее цитируемых публикаций, РР (топ-10) и РР (топ-50), рассчитываемые аналогичным образом.

В рейтинге также используется индикатор РР (collab), обозначающий долю публикаций, написанных в соавторстве. Согласно этому рейтингу, лидерские позиции вузов немного сместились:

По этому показателю МГУ также попал в 500 лучших вузов (216 место), СПбГУ занял 548 место. Среди учитываемых в данном рейтинге индексов также рассматривают индексы соавторства с организациями, индексы международного сотрудничества, индексы сотрудничества с промышленными партнерами, долю публикаций в сотрудничестве с научными учреждениями, расстояние до которых не превышает 100 км, и с вузами, находящимися на расстоянии более 5000 км.